Cryptocoryne moehlmannii se parece mucho a C. pontederiifolia. Al igual que este último, se origina en un área en la costa occidental de Sumatra. Ambas especies se diferencian principalmente por las características de la inflorescencia (más precisamente, la espata), además, el envés de las hojas y los tallos de las hojas de C. moehlmannii son de color verde claro (no marrón rojizo). Esta planta es comparable a C. pontederiifolia en cuanto a sus demandas y uso en el hobby.